创办《格致汇编》
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在艰苦而寂寞的译书工作的之余，傅兰雅于1874年创办了旨在普及和推广自然科学的格致书院，开班设讲，定期展览科学技术成就，逐渐将其发展成为一所西学图书馆。所谓格致，是时人对物理、化学等西方科学的总称。两年后，他得知由丁韪良、艾约瑟等传教士在北京出版的中文期刊《中西闻见录》即将停刊的消息之后，便“重操旧业”，独辟蹊径，以书院的名义发行了一份专门介绍自然科学知识的月刊《格致汇编》，“一方面要促进探究的精神，一方面要在大清帝国传播通俗实用的科学知识。它将为介绍已经出版的科学译著服务，刊载科学课程的短篇解说和科学讲演稿，并作为本邦受教育人士问询、获取其感兴趣的科学信息的媒介。”
傅兰雅主编的《格致汇编》封面。创刊号于光绪二年正月十五日（1876年2月9日）问世，是中国近代最早的一份科技杂志。这份中国近代最早的一份科技杂志，使他的名字与近代中国科技与新闻的发展紧密地联系在一起。
以刊登科普文章为主的《格致汇编》，除介绍各门科学的专门知识外，傅兰雅还发挥了早期办报时积累的经验，开辟“算学奇题”、“互相问答”和“格物杂说”等专栏，报道西方技术在世界上的应用；连载译著，介绍科学仪器和日用工业技术以及卫生学等方面的专门学问，同时还广泛宣传汤若望、瓦特、富兰克林等科学家的事迹；在介绍化铁炉、蒸汽机车等外国先进器械时均附有插图，与《上海新报》的“机器图说”专栏有异曲同工之妙，很受读者欢迎。
刊物的主要作者是江南制造局的科学家，有徐寿、华蘅芳、贾步纬和徐寿之子徐建寅等人，傅兰雅在刊物上直接选登了他们的一些译著，如《电气镀金略法》、《入水衣全论》、《回特活德钢炮论》、《海战指要》、《测候诸器说》、《石板印法》等，这些著作都是因为载入《格致汇编》而流传下来的。经常为刊物写文章的还有艾约瑟、巴心田等名人，以及上海圣约翰书院的卜舫济、苏州博习书院的潘慎文、京师同文馆格致教习欧礼斐和、登州文会馆校长狄考文等几位在中国从事教育和文字工作的外国传教士。《格致汇编》断断续续出版十多年，并曾多次增补重印，受到当时渴望学习西方科学技术的中国知识分子的欢迎，全赖这支站在时代前沿的作者队伍支撑。
这正是中西交往史上最为跌宕起伏的时代之一。不断深化的洋务运动，正在促进中国政治、经济、文化领域里的显著变化，朝廷自1861年设立了第一个专理外事的机构——总理大臣衙门后，1873年同治皇帝接受军机处的建议，在接见一批外国外交官时准予免行叩拜礼；1876年，一个赴欧洲考察团终于成行；又过了一年，第一个驻外使节郭嵩焘出使英国……这些构成对外关系发生变化的背景和因素，也为傅兰雅这个名字走进中国近代科技史提供了恰当的机会。
与此同时，西学又因以北京、上海为中心建立起来的西式学堂而得到进一步的传播。在京师同文馆、北京大学堂等官办学堂里，已经进行语言、技术、电报、采矿、造船、海战和陆战等方面的教学；此外，一些由传教士开办的学堂如英华书院、格致书院等，更以直接传授西方科技知识为主，使西学教育短时间内达到了一个新的水平。据记载，当时有不少中国人、特别是在通商口岸的文人和商人，对西方科学的好奇心不断增长，常常给《格致汇编》杂志的傅兰雅写信，向他询问各式各样的问题，这使他一时间成为京沪两地知识界的名人。来信大都询问关于近代科学和工艺技术的问题，如关于电镀、农机具、潜水器具、养蜂法、照相法、纺织机械和石印术等等，表明当时已经有相当一部分人对科学技术表现出浓厚的兴趣。傅兰雅答复读者的问题相当认真，有时还请徐寿、贾步纬等专家回答。
格致书院发行的启蒙课本。《格致汇编》非常注重实用工艺技术的介绍，发表了不少关于采煤、火车与铁路、造船、机械、炼钢炼铁、纺织机械、电报电话、石板印刷术等新技术、新工艺方面的译著，呼应了正在兴起的自强运动。此外，它也十分热衷推广当时输入中国的许多“洋货”，如关于玻璃、冰块、啤酒、汽水、纽扣、针线、火柴、水泥、电灯等的制造工艺，以及制糖、打米、磨面、榨油、制砖等日用机械技术机械，这些都十分合乎当时读者的胃口。
在介绍科学知识方面，《格致汇编》突出介绍了科学仪器和科学实验。出版不久，常常有读者来信向傅兰雅请教如何进行实验，或问询哪里能买到仪器。傅兰雅曾刊登告示说：“……内地之人要考究格致之学，不知器具与材料何价并何用法。凡阅《汇编》诸君，如要买何种器料，致信下问，本馆当回复言明，不取分文。”同时，他还购买了部分仪器和药品，为读者提供代售服务。不久，他还连续刊登了英国几家有名的科学仪器制造商的产品广告，又编译了这几家公司的详细产品说明书，辑为《格致释器》在《格致汇编》上连载，成为清末介绍西方科学仪器的重要文献。
这期间，傅兰雅所做的最有意义的工作，也许还要算上在促使译文科技用语标准化方面作出的努力。他曾花大气力编纂了第一本中文技术术语和词汇字典；1890年，他促成了“中国教育协会”的成立，担任总编、经理委员会主席并兼任出版委员会秘书，具体负责化学、矿物学、气象学、印刷术、电镀工艺、化工仪器、哲学、铸造工艺、枪炮制造、造船工艺、开矿和土木工程等学科的名词规范化工作。今人耳熟能详的这些科学技术名词，就是经他之手推敲、落定，从而家喻户晓的。
《格致汇编》停刊时间未详，据专家查证，现存最后一期是1892年冬出版的第七年第四卷，距傅兰雅离开中国还有四年时间。当年，傅兰雅以“给中国引进科学”为宗旨创办了这个刊物，但“洋务运动”始终未能深入开展，最后成了一场代价沉重的试验；对此，傅兰雅的失望落寞之感，是可以想见的。